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Fomentar la relaciones interinstitucionales e intersectoriales para el establecimiento de una agenda nacional en el tema de medidas sanitarias y fitosanitarias.
Establecer una agenda nacional que responda alas demandas técnicas emanadas en el comité de medidas sanitarias Y fitosanitarias de la organización mundial del comercio (OMC).
Articular las agendas de comité de medidas sanitarias y fitosanitarias de la organización mundial del comercio con las agendas nacionales del CODEX alimentarius, Convención Internacional de protección Fitosanitaria (CIPF) y la Organización Mundial de Sanidad Animal (OIE) y otras organizaciones internacionales de interés para el país.
Enlazar las agendas del Comité de Medidas Sanitarias y Fitosanitarias de la OMC con los procesos regionales o bilaterales de comercialización bilateral.
Promover la sostenibilidad institucinal para el monitoreo permanente de los temas de MSF en el ambito internacional.
Presentar la priorización del tema MSF en los ámbitos políticos del país.
Ejecutar las responsabilidades institucionales en la aplicación de las Medidas Sanitarias y Fitosanitarias.
Coordinar, facilitar e impulsar los esfuerzos públicos, privados y los de la sociedad civil organizada, para lograr el mejoramiento de los estándares que están incluidos en el Acuerdo sobre Aplicación de las Medidas Sanitarias y Fitosanitarias en beneficio de los consumidores nacionales y de la exportación.
Reglamentar mecanismos que protejan el sector Agropecuario de las prácticas inadecuadas en el comercio internacional de alimentos.
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CNMSF 
